紫外線殺菌と他の殺菌方法との相違点は、殺菌方法や対象物によっても違いますが下記のようになります。
| 他の殺菌方法の問題点 |
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◎ 高温殺菌（熱殺菌） ● 煮沸殺菌や熱殺菌では耐熱菌に対して適正ではない。 ● 殺菌に掛かるエネルギーコストが高い。 ● 殺菌後冷却行程が必要になる。 ● 熱により対象物を変化させることがある。 
◎ 薬品殺菌● 残留性があるため、二次洗浄の必要性がある。 ● 耐性菌を発生させる可能性がある。 ● 変色や腐敗を進行させる場合もある。 ● 薬品殺菌の場合、菌の種類により効果が違う。 ● 次亜塩素などの薬品は低濃度のものを使用するか、 二次処理が必要になる。  ◎ オゾン殺菌 ● 人体に有害である。 ● 低濃度で長時間作用が必要である。 ● 酸化作用により金属の腐食を起こす。 ● 耐熱菌や真菌には長い時間が必要である。 ● オゾン殺菌の場合は、設備費がかかる。 ● 高濃度のオゾンは人体にも悪影響を及ぼす。  |
| 他の殺菌方法の相違点 |
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 ● あらゆる菌類に有効   ● 対象物を変質させる心配が少ない   ● 設備はコンパクト、維持費も安価   ● 二次処理不要   ● 常温で殺菌できる   ● 耐性菌を作らない  |